元朝对治理汉人的政策一直持主奴态度。在各地驻扎军队，甚至每个村子都有蒙古人，一有人家结婚新娘第一夜就得跟他们长官住，导致很多人第一个孩子就打掉了。霸占农田改为自已家牧场致使很多人没田耕地养家。入主中原想拿就拿当成自己家储物室一样。这些失去人心的做法，导致很多人都思念宋朝，在后来治理黄河时农民军打着宋朝名义很快得到响应，队伍迅速发展到几十万人。
从国家机器的组织看，在中央皇帝之下，始终坚持三权分立，御史、中书、监察各司其职。建立了行省制度，即将中书省平移到地方从事区域管理，构建了中央与地方的分权机制，使国家可以有效管理整个大帝国。经济上，蒙古帝国建立了纸币制度，方便了汗国内的经济往来，汗国之间采取了以黄金白银为货币的结算机制，保障贸易平衡。
蒙古帝国灭亡，组织上在于两个，一是皇位继承制度不健全，导致很多皇帝很短命，一年出现过三个皇帝，皇帝成了各方争权夺利的工具。二是三权分立制度被破环，最后年份中书省权力凌驾到其它部门之上，进一步促进了国家机器的崩溃。经济上也在于两个，一是滥用了货币制度，不断滥发货币，因为政府需要通过纸币掠夺民财去风尚权贵，最终金融体系崩溃。二是元帝国不懂农业国家的经营，水利荒废，黄河任由泛滥，运河交通垮掉了，灾害多发。最后甚至京师都没有粮食发生饥荒。